Table 3.

Differential expression of TFEB-dependent autophagy and lysosomal biogenesis (CLEAR) genes in the brain of 6-month-old PSdko mice

CLEAR genes			Autophagy genes
Gene symbol	ALR 6 mos FC KO-WT	ALR 6 mos HC KO-WT	Gene symbol	ALR 6 mos FC KO-WT	ALR 6 mos HC KO-WT
Abca2	0.17	0.15	Atg12	0.04	−0.03
Abcb9	−0.10	−0.04	Atg16l1	−0.13	0.15
Cd68	1.82	1.84	Atg4a	0.16	−0.02
Cln3	0.37	−0.09	Atg4b	−0.13	−0.21
Laptm4a	0.08	−0.12	Atg4c	−0.04	0.23
Laptm4b	0.26	−0.04	Atg4d	0.04	0.09
Lamp3/ Ppid	−0.12	−0.22	Atg5	−0.14	−0.01
Litaf	0.61	−0.04	Atg9a	−0.20	−0.14
Lamp1	0.27	0.09	Atg9b	−0.05	0.34
Lamp2	0.49	0.60	Becn1	0.09	0.11
Mfsd8	−0.13	−0.24	Gabarapl1	−0.09	−0.06
Mcoln2	0.08	−0.06	Gabarapl2	−0.01	−0.11
Mcoln3	0.79	−0.16	Gabarap	0.07	−0.05
Mcoln1	−0.05	−0.20	Map1lc3b	−0.01	−0.09
Ncstn	0.02	0.11	Map1lc3a	−0.03	0.07
Npc1	0.13	−0.06	Rgs19	−0.07	0.03
Npc1l1	−0.25	0.03	Ulk1	0.18	0.06
Cenpc1	0.00	0.13	Atg10	0.22	0.17
Slc17a2	0.09	−0.34	Atg16l2	0.13	−0.07
Slc17a6	−0.56	−0.44	Atg3	0.04	−0.04
Slc17a6	−0.89	−1.07	Atg7	0.07	0.40
Slc17a1	0.09	−0.03	Atg7	0.00	0.07
Slc17a7	0.26	0.11	Rab24	0.08	−0.10
Slc17a5	0.47	0.17	Autophagy Mean	0.01	0.03
Slc17a3	−0.08	0.12	p value	0.96	0.46
Lipa	0.05	0.04
Gla	−0.35	0.36
Naga	0.38	0.06
Naglu	1.11	0.77
Arsb	0.23	0.30
Arsa	0.25	0.19
Glb1	0.25	0.61
Gusb	1.11	0.91
Hexb	1.31	1.14
Manba	0.16	0.10
Cpvl	−0.10	−0.11
Ctsb	0.30	0.26
Ctsd	0.88	0.81
Ctsf	0.04	−0.04
Ctsh	0.81	0.65
Ctsk	0.01	−0.18
Ctsl	0.47	0.31
Ctso	0.32	−0.10
Ctss	1.24	0.97
Ctsz	1.13	0.97
Cln5	0.50	0.15
Dnase2b	0.00	−0.18
Dnase2a	0.12	0.27
Ggh	0.45	0.11
Gm2a	0.38	0.45
Gm2a	0.14	−0.44
Mgea5	0.23	0.07
Ids	0.13	−0.08
Ids	0.08	0.13
Ifi30	0.74	0.22
Lgmn	0.37	0.55
Ganab	0.06	0.02
Ctsa	0.55	0.69
Mpo	0.19	0.31
Galns	0.15	0.45
Gns	0.39	0.21
Npc2	0.88	0.50
Ppt1	−0.17	−0.13
Ppt2	0.02	0.13
Psap	0.19	−0.05
Siae	−0.11	0.06
Neu1	0.02	0.21
Neu1	0.16	0.29
Smpd1	0.17	0.21
Fuca1	0.36	0.24
Tpp1	0.15	0.06
Acp2	0.32	0.33
Acp5	0.28	−0.10
CLEAR Mean	0.28	0.18
p value	0.001	0.001